Après la Libération, plusieurs enquêtes sont diligentées pour faire la lumière sur l'utilisation des sommes détournées, notamment à Neuvic-sur-l’Isle. Un premier rapport rédigé par Bernard Clappier, inspecteur des Finances, met en évidence d'étranges disparitions d'argent : il est enterré. Au début de l'année 1945, De Gaulle commande une enquête sur les "détournements financiers commis sous l'Occupation" mais le rapport du conseiller à la Cour des Comptes Maurice Clapier demeure encore aujourd'hui introuvable aux archives nationales. Le mystère qui entoure ces affaires alimente, au lendemain de la Libération, de nombreuses rumeurs sur l'utilisation des sommes allouées à l'action clandestine. Des scandales éclatent : l'un d'entre eux concerne directement le colonel Passy, chef du BCRA, à qui on reproche en 1946 de ne pouvoir justifier l'utilisation de plusieurs dizaines de millions de francs. Ces affaires peuvent même être utilisées à des fins politiques. Les dirigeants du Parti Communiste entreprennent ainsi une campagne calomnieuse visant le colonel Georges Guingouin, fondateur des premiers groupes armés "Francs-Tireurs", dès 1945. Le financement de plusieurs partis politiques est également remis en cause : en juillet 1945, de grandes figures de la Résistance intérieure, réunies au sein du Mouvement de Libération Nationale  , créent un nouveau parti politique, l'Union démocratique et socialiste de la Résistance (UDSR) ; peu après, le trésorier du MLN, André Crestois, est accusé d'avoir récupéré une grande partie du butin de Neuvic-sur-l’Isle pour financer ce projet politique, mais aussi pour son profit personnel.

Les affrontements au sujet des sommes détournées à la fin du conflit ne doivent pas cependant faire illusion. Selon les estimations de Jean-Marc Binot et Bernard Boyer, les sommes distribuées à la Résistance, qu'elles viennent de la France Libre ou soient empruntées sur place, voire volées, s'élèvent à moins de 15 milliards de francs, soit un mois et demi d'indemnités d'occupation. Le rapport déjà cité de la Cour des comptes précise que les trois quarts de cette somme ont été régulièrement justifiés. Ces chiffres sont à manipuler avec précaution ; mais ils tendent à démontrer que les détournements à des fins personnelles sont restés marginaux, même s’ils ont à plusieurs reprises handicapé l'action des organisations clandestines.

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